Gmina Kłaj usytuowana jest w zachodnim krańcu Kotliny Sandomierskiej, na jej południowym obrzeżu, w mezoregionie Doliny Raby.

Obszar wysunięty najbardziej na zachód (przy granicy z Szarowem) sięga wzniesień mezoregionu Wysoczyzn Przykarpackich -Wysoczyzny Wielicko - Gdowskiej. Południową granicę miejscowości Kłaj (600m) stanowi rzeka Raba, a resztę zajmuje miejscowość Targowisko, z kolei północną granicę wsi stanowi linia południowego skraju głównego kompleksu Puszczy Niepołomickiej. W rzeczywistości granica miejscowości Kłaj wbiega głęboko w leśne ostępy oraz obejmuje swoim zasięgiem środkową część Puszczy Niepołomickiej i północo - wschodnie obrzeże torfowiska Wielkie Błoto. 

Osobliwością geologiczną Kłaja a właściwie jego puszczańskiej części, jest wzniesienie Kobyła Głowa, położone około 3 km na północ od stacji kolejowej. Wzniesienie to ma charakter ostańca, pagórka morenowego z okresu pierwszego zlodowacenia krakowskiego, które ocalało w trakcie późniejszej erozji. Na południe od przysiółka Goły Brzeg i w bezpośrednim jego sąsiedztwie, rozlewa się jedno z najdłuższych i najbardziej okazałych rabisk, czyli starorzeczy Raby.
W latach siedemdziesiątych od głównego koryta Raby zostało ono odcięte w górnym biegu tamą, a nowe przeprowadzono przekopem liczącym 0,5 km.

Na terenie Gminy Kłaj ustanowiono następujące obszary NATURA 2000:

• OSO (Obszary Specjalnej Ochrony): Puszcza Niepołomicka – PLB120002,
• SOO (Specjalne Obszary Ochrony):Torfowisko Wielkie Błoto – PLH120080

                                      Położenie gminy Kłaj na tle powiatu wielickiego.

Gmina Kłaj leży w województwie małopolskim i wchodzi w skład powiatu wielickiego.Gmina zajmuje powierzchnię 6 469,80 ha (3 340,7 ha stanowią lasy Puszczy Niepołomickiej) i liczy 10 329 mieszkańców (stan na 31.12.2014r.). Pod względem terytorialnym, graniczy
z następującymi gminami: Niepołomice, Drwinia, Gdów i Bochnia. W jej skład wchodzi 9 sołectw:

• Brzezie, Dąbrowa, Grodkowice,Gruszki, Kłaj, Łężkowice, Łysokanie, Szarów,Targowisko.

Ze względu na położenie i ukształtowanie gmina jest zaliczana do najmniej skażonych w woj. małopolskim, znalazła się w czołówce gmin polskich szczególnie dbających o ochronę środowiska przyrodniczego.

• Gmina wyróżniona w konkursie Rady Ekologicznej przy Prezydencie RP „ Na Najbardziej Ekologiczną Gminę" w Polsce,
• „Gmina Przyjazna dla Środowiska „ - wyróżnienie za wprowadzenie Funduszu Wodno – Ściekowego , jako jednej z form finansowania inwestycji ekologicznych,
• Wyróżnienie w konkursie „Lider Polskiej Ekologii „ także za wprowadzenie Funduszu Wodno –Ściekowego.
• Infrastruktura techniczna Gminy Kłaj jest dobrze rozwinięta. Wszystkie sołectwa w gminie są w blisko 100 % zwodociągowane, zelektryfikowane i w dużym procencie zgazyfikowane. W Gminie Kłaj funkcjonują dwie oczyszczalnie ścieków, prowadzone są inwestycje zmierzające do poprawy gospodarki ściekowej na terenie Gminy. Skanalizowanie Gminy w 46%. Gmina Kłaj jest wyposażona w sieć telefoniczną i teleinformatyczną.

Na walory turystyczne gminy składają się walory przyrodnicze oraz walory antropogeniczne (pozaprzyrodnicze, wśród których można wymienić m.in. zabytki architektury).